2008 年以前，在全国范围内，计算机资格证书有效期为三年（自批准或登记之日起算）。在有效期满前三个月内，持证者应到批准的证书登记实施机构办理证书登记手续。逾期未办理登记手续的证书不再有效。

根据工信部教育与考试中心 2008 年全国电子教育考试工作会议的有关精神，全国软考办明确：计算机资格考试合格证书将长期有效，不受三年有效期限制。但是原人事部和原信息产业部颁布的《关于印发〈计算机技术与软件专业技术资格（水平）考试暂行规定〉和〈计算机技术与软件专业技术资格（水平）考试实施办法〉的通知》（国人部发 [2003] 39 号）暂未废止，仍然有效。由于官方说法与文件精神相互冲突，因此各省份对于计算机资格证书的有效期和登记工作实施问题的处理并不一致。

多数省份已经承认计算机资格证书长期有效并停止了证书登记的相关工作；广东、福建、河南等省份则继续实行定期登记制度。