我觉得可能有这么几点：

1. 男性和女性在编程方面，生理条件并没有明确的影响。
2. 我见过太多菜鸟，根本不喜欢编程。也听说过很多学生，选择计算机方向只是因为传闻这边前途好。而就如爱因斯坦所说，「兴趣是最好的老师」。目前较男性来说，女性选择编程而不是其它行业，出于兴趣或者认真的比例更多。
3. 幸存者偏见。男性编程不给力，继续混下去也没什么。女性编程不给力，人们更可能给出改行的建议，因为他们认为「女性不适合编程」。
4. 歧视。不少人认为女性编程能力不如男性。所以同样的菜鸟，有这种想法的用人单位非要选择一位的话，肯定是选男性了，至少对方的性别「更适合这个行业」。所以，对女性的选择门槛更高，被选中的女性的平均水平也就更高了。

注：以上无数据无调查，纯属臆想。